צריך קצת עזרה בביולוגיה

[Vosegus]

ממצב כולם?
מפה לשם נכנסתי לויכוח עם כל הקורס שלי בערך.
אז ככה, פרולין זו חומצת אמינו הידרופובית לא קוטבית.
אמה מה?יש לה תכונות הידרופיליות-היא מציגה ערכים שליליים במדד ההידרופאתיות וקראתי במחקרים שהיא מסיסה במים.
מישהו מוכן להסביר לי מה הולך או מוכן להפנות אותי למקור שמסביר את זה?

תודה!

 

[Matty]

יש לה תכונות הידרופיליות-היא מציגה ערכים שליליים במדד ההידרופאתיות וקראתי במחקרים שהיא מסיסה במים.

אשמח אם תשלח את זה.
בכ"מ, יש לפרולין 5 מוקדים ליצירת קשרי מימן. אז טכנית זה אפשרי למרות הקשרי ו.ד.ו היחסית החזקים של המטענים החשמליים החלקיים שנוצרים.
לצורך קיצור תהליכים. @OPAL @sunshine 😆

 

[Vosegus]

חומצת אמינו – ויקיפדיה

תגלול לטבלה למטה, תראה שזה -1.6

 

[Matty]

חומצת אמינו – ויקיפדיה

תגלול לטבלה למטה, תראה שזה -1.6

ניסיתי לשבור את הראש ולא מצאתי הסבר למידת ההידרופאתיות. 😕
גם גליצין אותו הדבר.. ( אם כי במידה יותר פחותה עקב היותו פחות הודרופובי מאשר פרולין.)
-0.4 מידת הידרופאתיות.

 

[ברק]

קח בחשבון שמה שמלמדים בביולוגיה הוא קירוב שלא תמיד נכון. בשביל לדעת מה יקרה צריך לפתור את משוואת שרדינגר בשני המצבים ולראות לאיזה מצב יש פחות אנרגיה חופשית...

מצאתי עכשיו מאמר שמתעסק בכך. הבעיה שאין לי גישה מהפלאפון. בינתיים, עד שאהיה במעבדה אני יכול להגיד לך שלפי הציור באבסטרקט החומצות פשוט מצליחות להסתדר סביב מולקולת מים במבנה מרחבי שבו הן גם נקשרות למים מצד אחד וגם הטבעות נצמדות אחת לשניה בצד השני.

 

[Vosegus]

קח בחשבון שמה שמלמדים בביולוגיה הוא קירוב שלא תמיד נכון. בשביל לדעת מה יקרה צריך לפתור את משוואת שרדינגר בשני המצבים ולראות לאיזה מצב יש פחות אנרגיה חופשית...

מצאתי עכשיו מאמר שמתעסק בכך. הבעיה שאין לי גישה מהפלאפון. בינתיים, עד שאהיה במעבדה אני יכול להגיד לך שלפי הציור באבסטרקט החומצות פשוט מצליחות להסתדר סביב מולקולת מים במבנה מרחבי שבו הן גם נקשרות למים מצד אחד וגם הטבעות נצמדות אחת לשניה בצד השני.

מה משוואת שרדינגר פולשת לכל חלקה טובה במדע?:(

 

[ברק]

אין מה לעשות 😃 זו המשוואה ששולטת בעולם הזה.

 

[Vosegus]

אני אקח את המידע הזה למרצה.
עוד דבר, אני רק רוצה לוודא לפניי שאני מתעמת עם המרצה, אנדוציטוזה/אקזוציטוזה אלו שני סוגים של אקטיב טרנספורט ולא תת סוג של טרנספורט בפניי עצמם, נכון?

 

[ברק]

הנה האבסטרקט:
Unusual solution properties of proline and its interaction with proteins. - PubMed - NCBI
אם אתה לומד יש לך גישה למלא מימן למעלה מהמחשבים של האוניברסיטה.

שוב לא היה לי זמן לקרוא אבל נראה שכמו שהקלדתי הם טוענים שנוצרות שרשראות ארוכות של טבעות שנדבקות אחת לשנייה בסטאקינג כשקשרי המימן יוצאים החוצה למים. מעניין אם יש מאמרים חדשים יותר בנושא...

 

[OPAL]

טוב, אם נבדוק את המבנה המולקולרי של פרולין, אכן נראה כי קיימים קשר מימן:

אולם לא הרבה.
ניתן להגיד כי יש לו יותר קשרי ו.ד.ו מאשר קשרי מימן, ולמרות זאת - פרולין נחשבת מבין חומצות האמיניות המסיסות ביותר!
בהחלט נושא לדיון (מאחר וסותר את מה שאנו מכירים לרוב).
הנושא הזה נחקר בתחום דינמיקה מולקולרית.
כאן (למרות שאי אפשר לקרוא את כל המאמר אלא אם אתה חברים) An Error Occurred Setting Your User Cookie יש טעימה למאמר בנושא הזה.
אישית, לא חקרתי את הנושא לעומק (למרות שאני עדיין לומדת לאחר שקראתי את האשכול). זוכרת שלמדתי על פיצול זויות ואז מצאתי את האתר הזה Torsion Angles and the Ramachnadran Plot in Protein Structures המלמד ומסביר על פיצול וכן על ההסבר בין גליצין לפרולין: וקיצור: The hydrophobic amino acids include alanine, valine, leucine, isoleucine, proline, phenylalanine, tryptophane, cysteine and methionine. The amino acid glycine does not have a side chain and is hard to assign to one of the above classes. However, glycine is often found at the surface of proteins, often within loops, providing high flexibility to these regions. Proline has the opposite effect, providing rigidity to the protein structure by imposing certain torsion angles on the segment of the polypeptide chain. The reason for these effects is discussed in the section on torsion angles. These two residues are often highly conserved in protein families since they are essential for preserving a particular protein three-dimensional fold.
אגב, נעשה גם ניסוי בנושא ומצא את ההשפעה של ריכוז פרולין להתמוססות שלו והקשר בין טמפ' המים להתמוססות (מיטבית בריכוז מעל 4M ובטמ"פ 25-55 מעלות צל) : . Proline is a protein solubilizing solute - Samuel - 2008 - IUBMB Life - Wiley Online Library